Olimpiade Sains Nasional (OSN 2009)  

Mulai tanggal 3—9 Agustus 2009, Yan Christianto Setiawan (XIIS-2) mengikuti Olimpiade Sains Nasional bidang Ekonomi di Jakarta. Olimpiade yang diadakan secara rutin setiap tahun ini, diikuti oleh perwakilan siswa tingkat SMA se-Indonesia. Ia akhirnya berhasil meraih medali perak.

Juara I Lomba Aplikasi Komputer, diadakan oleh Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan
Teknik Komputer (STIKOM) Surabaya

Creative Physics Media Competition

Universitas Katolik Widya Mandala, Surabaya, mengadakan Creative Physics Media Competition (pembuatan media pembelajaran fisika) pada tanggal 24 Oktober 2009. Kegiatan ini menantang para siswa yang memiliki kemampuan membuat media belajar untuk menampilkan karya terbaiknya. SMA Kristen Petra 3 mengirimkan Yohanes Hendry Yulian (XIIA-1). Dan akhirnya, karyanya diakui sebagai karya terbaik dari semua peserta dan berhak meraih Juara I.

Lomba Akuntansi Widya Kartika

Lomba ini merupakan kegiatan tahunan yang diagendakan oleh Universitas Widya Kartika, Surabaya. Perguruan tinggi ini mengundang seluruh siswa SMA di Jawa Timur untuk berkompetisi di bidang akuntansi. Lomba ini diadakan pada tanggal 24 Oktober 2009. SMA Kristen Petra 3 mengirimkan dua tim dalan event ini. Tim I adalah Yan Christianto dan Rosemary Laurence, dan tim II adalah Zendi Wiranata dan Ketut Mira Setia Dewi. Setelah mereka menempuh beberapa babak, akhirnya tim I meraih Juara I dan berhak memperoleh uang pembinaan, serta piala bergilir IAI (Ikatan Akuntansi Indonesia). Sedangkan tim II berhasil meraih Juara Harapan I.

Juara I Olimpiade Akuntansi Politeknik Negeri Malang

Olimpiade Ekonomi

Ini merupakan keikutsertaan yang kedua kalinya bagi SMA Kristen Petra 3 dalam Olimpiade Ekonomi tingkat nasional, yang diadakan oleh Universitas Negeri Malang. Tahun lalu, tim SMA Kristen Petra 3 hanya mampu masuk dalam sepuluh besar nasional. Dalam lomba tahun ini, SMA Kristen Petra 3 mengirimkan dua tim. Lomba ini diadakan mulai hari Sabtu—Minggu, tanggal 14—15 November 2009, dan diikuti oleh 153 tim dari berbagai daerah di Indonesia. Akhirnya, Yan Christianto dan Grace Christy Taruli berhasil merebut Juara II setelah melewati pertarungan yang sengit pada babak final.